La fase di censimento del Progetto "Musei storico-scientifici del Mezzogiorno in rete" consiste nell'individuazione di collezioni naturalistiche e di strumenti tecnico-scientifici di interesse storico presenti negli Istituti scolastici e nelle Istituzioni museali ed universitarie delle Regioni del Meridione: Basilicata, Calabria, Campania, Molise, Puglia, Sardegna e Sicilia.

In particolare, per gli Istituti Scolastici, è stato necessario ampliare il concetto di collezione intesa come raccolta omogenea di reperti, realizzata secondo determinati criteri e/o da determinate persone e/o per determinati fini in un determinato periodo; si è ritenuto di includere, oltre a tutte le raccolte dotate di una specifica e ben riconoscibile individualità (come è frequente ritrovare nei Musei), anche tutti gli strumenti, oggetti e reperti individuati nelle scuole che presentassero caratteristiche compatibili con gli obbiettivi del Progetto.
Per le scuole, inoltre, la prima caratteristica discriminante è stata la datazione dei reperti: dovendo essi rientrare nella categoria dei beni culturali, è stato stabilito come massimo limite temporale la prima metà del 1900.

Si è passati poi alla catalogazione attraverso la raccolta di informazioni dettagliate e dati fotografici che testimoniano lo stato delle collezioni presenti negli Enti individuati come interessanti da inserire nella scheda realizzata appositamente in collaborazione con l'Istituto di Storia della Scienza di Firenze.